В 1965 г. жители Подмосковья впервые узнали, что в Подольске собираются организовать Краеведческий музей, который должен был стать центром по привлечению «всякого рода исторических документов, фотографий, картин, предметов быта и материальной культуры, данных о природе и животном мире нашего края».
В апреле была образована оргкомиссия по созданию музея, которая приступила к сбору необходимых материалов и средств. Она обратилась к жителям города с призывом активно содействовать созданию музея личным участием и денежными взносами. Оказалось, что нужно только положить начало, и сотни добровольных помощников, патриотов города, придут на помощь. Среди них были врачи и инженеры, рабочие и работники культуры, учителя и юные следопыты – удивительные энтузиасты. В течение трех лет общественный совет краеведов (Е.С.Алешин, Ю.Н.Красовская, М.И.Панфилова, Ф.Ф.Сабанеев, секретарь оргкомиссии – Николай Семенович Ябелов) собирал первые реликвии, которые должны были стать основой будущей экспозиции. В июне 1971 года, во многом благодаря энергичному Евгению Степановичу Алешину, было принято решение о создании полноценного музея. К работе был привлечен Сергей Владимирович Кауц, он и был избран первым директором. К работе приступил Зиновий Яковлевич Шехтель — сотрудник Государственного биологического музея им Тимирязева, ученый-биолог. Он подготовил в дар музею целую экспозицию по природе подольской земли.
Официальным днем рождения Подольского краеведческого музея считается 11 июня 1971 г. Под музей было предоставлено кирпичное двухэтажное здание бывшей церковно-приходской школы, возле Собора Святой Троицы. Здание было небольшое, компактное, хорошо гармонирующее в архитектурном аспекте с храмом. В 1978 году Подольский краеведческий музей стал филиалом Московского областного краеведческого музея, расположенного в Истре.
В декабре 1989 г. исполкомом подольского горсовета было принято решение о переводе Краеведческого музея в западный флигель усадьбы Ивановское. Место было выбрано историческое – первое упоминание относится к писцовым книгам 1627 г., Ивановское связано с именем государственного деятеля А.А.Закревского. Это здание усадебной архитектуры XVIII в. как нельзя лучше подходило для музея. Процесс переезда ускорился, поскольку настоятель Троицкого собора планировал разместить в старом помещении церковно-приходскую школу, где она и располагалась до революции. Первым и главным преимуществом переезда была возможность хорошего размещения музейных фондов. Три года продолжался капитальный ремонт, и вот в 1993 г. музей открылся, и началась повседневная музейная работа.
С 2003 г., в отдельно стоящем здании садово-паркового павильона («чайный домик»), располагалась экспозиция «Палеонтология и природа Подольского края». На берегах рек местные жители находили немало вещей древнего быта людей. Е.С.Алешин приносил предметы из кремния, окаменевшие останки моллюсков. Из карьера на Цемянке гидропрессовцем Алешиным была извлечена археологическая находка – окаменевший бивень мамонта, сохранившийся с ледникового периода. В экспозиции были представлены палеонтологические экспонаты и биологический раздел: животный и растительный мир подольского края. В настоящее время данные экспонаты находятся в фондах музея.
В октябре 2011 г. в отреставрированном здании первой четверти XIX века, Главном доме Присутственных мест, открылась новая экспозиция музея «Подольский меридиан». Она рассказывает о важнейших событиях в истории города и страны: Отечественной войне 1812 года, подвиге подольских курсантов в битве под Москвой 1941 г., о промышленности и культуре города. Художественное оформление экспозиции осуществлялось творческой мастерской заслуженного художника России А.Н. Конова «Музей Медиа» и имеет новаторский характер, основанный на принципе погружения посетителя в пространство истории. Значительное место в экспозиции отведено экономике, основу которой заложили купеческие династии, и укрепили крупные промышленные предприятия. Таким градообразующим предприятием можно считать завод по сборке швейных машин, основанный американской компанией «Зингер» (в дальнейшем Подольский механический завод) в 1900 году в Подольске.
Не случайно памятник скульптора Рожникова посвящён швейной машинке, которая символически «шьёт историю» Подольска.
Мемориальный отдел академика В.К. Милованова и профессора И.И. Соколовской Муниципального учреждения культуры «Подольский краеведческий музей» – это дом в посёлке Быково, в котором выдающиеся учёные жили и трудились. Заслуги Виктора Константиновича и Ирины Ивановны так велики, что в 1998 году по решению администрации Подольского района был создан Мемориальный музей академика В.К. Милованова и профессора И.И. Соколовской. В музее сохраняется их научное наследие и обстановка их быта. 1 августа 2017 года он стал Мемориальным отделом Подольского краеведческого музея.
Исследовательская деятельность краеведческого музея охватывает проблемы экономического, социального, политического и культурного развития Подольска. Фонды музея насчитывают более 35 тысяч единиц хранения: это и коллекции живописи, графики, скульптуры, и изделия прикладного искусства, нумизматика, оружие, редкие книги. Экспозиция доступна и интересна посетителям разных возрастов, есть много интересных программ и занятий, ведь главное для музейщиков – сохранить экспонаты и рассказать о прошлом так, чтобы каждый посетитель погрузился в историю родного края.
Подольчан и гостей городского округа интересуют экскурсионные, просветительские и досуговые программы, и музей в ответ на запрос расширяет рамки своей деятельности.
Музей предлагает 22 экскурсионные темы для различных возрастных категорий. Для самых маленьких посетителей это интерактивные занятия «Первый раз в музее» и «Бабенская игрушка». Экскурсионные программы, посвящённые подвигу лётчика Виктора Талалихина и Подольских курсантов в годы Великой Отечественной войны, пользуются большим интересом среди учащихся школ.
Ежегодно 8 февраля в Подольском краеведческом музее проходит День российской науки в формате Круглого стола «Диалог профессионалов и молодёжи», проводятся исторические конференции для музеев Южного Подмосковья и семинары для школьных музеев городского округа Подольск.
Музей собирает подольчан и наших гостей на увлекательные акции «Ночь музеев» и «Ночь искусств», красочный «Праздник швейной машинки» и тёплые встречи в литературно-музыкальном салоне «Времена» Галины Сеничевой.
В Подольском краеведческом музее каждые две недели обновляются временные выставки. Свои произведения представляют подольские художники, мастера декоративно-прикладного искусства, предприятия Городского округа Подольск демонстрируют материалы о своей деятельности, экспонируются фондовые музейные коллекции.
24 декабря 2017 года на базе музея открылся Туристско-информационный центр, главная цель которого – продвижение туристских продуктов на внутреннем рынке.